8.12 柱状图 EMP_barplot

柱状图是一种用于展示数据分布情况的统计图。

8.1.1 针对丰度数据的箱型图

🏷️示例：

MAE |> 
  EMP_assay_extract('host_gene',pattern = 'A1BG',pattern_ref = 'feature') |>
  EMP_boxplot(method='t.test',estimate_group='Group')

8.1.2 只显示上部误差棒

🏷️示例：

MAE |>
  EMP_assay_extract('host_gene',pattern = 'A1BG') |> 
  EMP_barplot(estimate_group = 'Group',error_bar = 'upper')

8.1.3 亚组分析

🏷️示例：

MAE |>
  EMP_assay_extract('host_gene',pattern = 'A1BG') |> 
  EMP_barplot(estimate_group = 'Group',compare_group='Sex')

8.1.4 调整统计显示符号

🏷️示例：

MAE |>
  EMP_assay_extract('host_gene',pattern = 'ACAD10') |> 
  EMP_barplot(estimate_group = 'Group',label = 'p.signif',label.size=6)

8.1.5 合并多个特征

🏷️示例：

MAE |>
  EMP_assay_extract('host_gene',pattern = 'A1BG') |> 
  EMP_barplot(estimate_group = 'Group',compare_group='Sex',facet = FALSE)

8.1.6 修改比较组

🏷️示例1：各组只和A组比较

MAE |>
  EMP_assay_extract('host_gene',pattern = 'A1BG') |> 
  EMP_barplot(estimate_group = 'Group',compare_group='sub_group',
              ref.group = 'A',
              facet = FALSE)

🏷️示例2：只选择A和B组比较

MAE |>
  EMP_assay_extract('host_gene',pattern = 'A1BG') |> 
  EMP_barplot(estimate_group = 'Group',compare_group='sub_group',
              comparisons = list(c('A','B')),
              facet = FALSE)

8.1.7 配对检验

🏷️示例：

MAE |>
  EMP_assay_extract('host_gene',pattern = 'A1BG') |> 
  EMP_barplot(estimate_group = 'sub_group',
              paired_group = 'patient')

8.1.8 绘制GraphPad风格的图

🏷️示例1：

加载风格包

if (!requireNamespace("ggprism", quietly=TRUE)) install.packages("ggprism")
library(ggprism)

GraphPad的多组检验使用tukey检验。

MAE |>
  EMP_assay_extract('host_gene',pattern = 'A1BG') |> 
  EMP_barplot(estimate_group = 'Group',compare_group='Status',
              palette = c('white','red','black'),error_bar = 'upper',
              method = 'tukey.hsd',facet = FALSE,
              mytheme ='theme_prism()')

🏷️示例2：

MAE |>
  EMP_assay_extract('host_gene',pattern = 'A1BG') |> 
  EMP_barplot(estimate_group = 'Group',compare_group='Status',
              bar_alpha = 0,bar_color = 'group',
              palette = c('yellow','red','green'),error_bar = 'upper',
              method = 'tukey.hsd',dot_color = 'group',
              mytheme ='theme_prism()')